ООО «Сибэнергоуголь» осуществляет свою деятельность с 28 августа 2001 года. На момент создания предприятие являлось правопреемником дочерней холдинговой компании «Кузбассразрезуголь» ОАО «Разрез Листвянский», в части прав и обязанностей, установленных лицензий на право пользования недрами КЕМ 00936 ТЭ с целью добычи каменного угля в Бунгуро-Чумышском геолого-экономическом районе в пределах геологического участка Ананьинский, расположенном в Новокузнецком районе Кемеровской области. С февраля 2011 года ООО «Сибэнергоуголь» входило в состав отраслевого холдинга «СДС-Уголь» ЗАО «Сибирский Деловой Союз». В это же время произошло слияние четырёх, существующих ранее отдельно, организаций: ООО «Торговый дом «Сибэнергоуголь», ООО «Димитровское», ООО «АТП «Сибэнергоуголь», ПТП «Сибэнергоуголь» в одну организацию ООО «Сибэнергоуголь». В дальнейшем они составили новые подразделения, такие как автотранспортное управление, управление железнодорожного транспорта, управление подсобного хозяйства. С 25.09.2017 года по настоящее время является самостоятельным предприятием. Единственным учредителем ООО «Сибэнергоуголь» является ООО «Сибуголь».

Эксплуатацию лицензионных участков предприятие начало осуществлять на участке «Ананьинский» с выходом к 2005 году на производственную мощность 0,3 млн. тонн в год. В 2007 году предприятие приобрело новые лицензионные участки «Бунгурский Южный» и «Ананьинский Западный» и в 2011 и 2014 годах соответственно, данные участки были сданы в эксплуатацию, что позволило предприятию выйти к 2015 году на производственную мощность 2,0 млн. тонн в год. В 2014 году предприятием были приобретены лицензии на участки «Бунгурский Южный 2» и «Ананьинский Восточный 2», что позволит выйти к 2021 году на новый рубеж в 3,0 млн. тонн в год.